Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.

В центре сюжета - начало карьеры офицера Альянса Джеймса Веги. Джеймс приходит в элитный отряд спецназа Альянса в начале борьбы с таинственной угрозой, известной как Коллекционеры. Состоя на службе в отдалённой звёздной системе, Джеймс Вега и его напарники должны защитить граждан колонии от вторжения неизвестных, которые пытаются похитить людей.

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства.В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным «коллегами» из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...

Не всем японским школьникам хочется быть космонавтами. Например, 16-летний Тэнти Масаки жил-поживал в японской глубинке – префектуре Окаяма, а каникулы проводил в храме у дедушки Кацухито, помогая ему во всем и готовясь стать синтоистским священником. Одно не давало покоя молодому послушнику – фамильная легенда о жутком демоне, заточенном 700 лет назад основателем их рода в тайном склепе под храмом Масаки. И вот однажды Тэнти решился… В итоге, разумеется, выяснилось, что диггерские подвиги Тэнти – всего лишь последний экзамен, придуманный мудрым дедом перед тем, как открыть внуку тайну происхождения их рода. Возможно, юный синтоист вынес чудесные откровения лишь потому, что бонусом к ним прилагались сексапильная демонесса, две галактические принцессы, девушка-детектив и еще Рё-О-Ки — самый кавайный космический корабль в обитаемой Вселенной. В такой компании новоявленному принцу звездной империи Дзюрай грех не спасти мир – ведь в нем только-только стало интересно!